После смены Руководителя Вам необходимо зарегистрировать нового Руководителя как ЮЛ.

Наличие регистрации ФЛ/ИП не мешает для регистрации Юридического лица. Соответственно Вы сможете пройти регистрацию в качестве ЮЛ, однако при регистрации, на этапе "Шаг 2 - Регистрационные данные" в поле "Пароль" Вам необходимо вводить пароль, который был введен при регистрации в качестве ФЛ/ИП.

Если Вы не помните пароль от существующего профиля, то для восстановления доступа:

1. Сначала вам нужно сменить адрес электронной почты.
Ссылка на сервис по смене почты: https://esf.gov.kz:8443/esf-web/changeEmail (не путайте данную ссылку со ссылкой смены пароля)
В поле логин вписывается ИИН руководителя, в поле e-mail вписывается новый адрес почты (к которой у вас есть доступ).
Подписываете действия сертификатом подписи (RSA либо GOST).

2. Осуществляете смену пароля для входа в систему, используя ссылку: https://esf.gov.kz:8443/esf-web/viewResetPasswordForm
Логином выступает ИИН руководителя, в поле e-mail вписывается адрес электронной почты (уже новый, на который вы поменяли)
На данную почту придет ссылка по смене пароля. Вы копируете ее и вставляете в браузер.
Два раза вводите новый пароль. Нажимаете Отправить. Далее также подписываете действия сертификатом подписи (RSA либо GOST).